В 1912 г. Филонов пишет статью «Канон и закон», где уже ясно сформулированы принципы аналитического искусства: антикубизм, принцип «органического» — от частного к общему. Филонов не отрывается от природы, как кубисты, но стремится её постичь, анализируя элементы формы в их непрерывном развитии.

Художник совершает поездки по Италии, Франции и в 1913 г. пишет декорации для постановки трагедии В.Маяковского «Владимир Маяковский» в театре петербургского Луна-парка. К этому периоду относится сближение Филонова с Велимиром Хлебниковым (облик Филонова угадывается в рассказе Хлебникова «Ка»). Филонов написал портрет поэта (не сохранился) и иллюстрировал его «Изборник», 1914 г., а в 1915 г. опубликовал свою поэму «Проповедь о проросли мировой», с рисунками, по духу напоминающими хлебниковские.

В 1915 г. Филонов и его группа выпустили манифест «Интимная мастерская живописцев и рисовальщиков „Сделанные картины“», где провозглашается реабилитация живописи (в противовес Малевичу) и картин, «сделанных картин и сделанных рисунков». Каждое прикосновение к холсту, по Филонову, — «единица действия», атом. «Упорно и точно рисуй…вводи прорабатываемый цвет в каждый атом, чтобы он туда въедался, как тепло в тело или органически был связан с формой, как в природе клетчатка цветка с цветом». Филонову важны методы, которыми действует природа, а не она сама. Его метод включает равнозначно абстрактное и фигуративное.

В 1915 г. Филонов пишет «Цветы мирового расцвета» (х., м., 154,5 Х 117 см.), которая войдёт в цикл «Ввод в мировой расцвет»; осенью 1916 г. он мобилизован на войну и направлен на Румынский фронт рядовым 2-го полка Балтийской морской дивизии. Павел Филонов принимает активное участие в революции и занимает должности председателя Исполнительного военно-революционного комитета Придунайского края в Измаиле и т. п.

В 1918 г. он вернулся в Петроград и принял участие в Первой свободной выставке произведений художников всех направлений — грандиозной выставке в Зимнем дворце. Виктор Шкловский приветствует художника, отмечая «громадный размах, пафос великого мастера». На выставке были представлены работы из цикла «Ввод в мировой расцвет». Две работы: «Мать», 1916 г. и «Победитель города», 1914-15 г.г. (обе — смешанные техники на картоне или бумаге) были подарены Филоновым государству. В 1922 г. он дарит также две работы Русскому музею (в том числе — «Формулу петроградского пролетариата», 1920-21 г.г. — х., м., 154 Х 117 см.); заметим, что все основные работы Филонова, находятся в ГРМ, по завещанию самого художника и благодаря сохранившей эти работы сестре Филонова — Глебовой, Евдокии Николаевне (1888—1980).